חובת ניכוי המס במקור היא עצמאית מחובת המס המוטלת על הנישום. בתנאים הקבועים בסעיף 164 לפקודת מס הכנסה, על הצווים והתקנות שיצאו מכוחו, או בסעיף 170 לפקודה, המנכה (מעביר ההכנסה) חייב לנכות במקור את המס שהנעבר (מקבל ההכנסה) חייב בו. אחרת, הוא נתון לסנקציות אזרחיות ופליליות